【荷蘭時期】
荷蘭人在澎湖建立貿易基地失利後，轉往福爾摩沙，稍後於大員建立熱蘭遮城(安平古堡)，作為全島統治中心。
荷人亦向赤崁原住民購地，興建普羅民遮城(赤崁樓)。
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【明鄭時期】
西元1661年，鄭成功征台擊退荷人。
取得政權後，宣布將台南赤崁地區改稱東都明京、大員改稱安平。全島設立一府(承天)二縣(天興、萬年)台南市即屬承天府。
鄭成功逝世後，世子鄭經即位，任陳永華為謀士，東都明京改為東寧。興建包括台灣首座孔廟、設立學校，開啟了和文化傳播的先聲。
興水利、課農桑、安撫原住民等等，使台灣逐漸成為漢人優勢的社會。
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【清領時期】
西元1684年，清朝攻取台灣，在台南設台灣府，在首任巡撫劉銘傳將省會遷往台北之前，台南一直是全台首府。享有一府二鹿三艋舺之名。
承天府改為台灣府，西元1684年(清康熙23年)，清廷頒布渡台禁令，僅准漳泉地區作有限度的移民。到西元1776年(清乾隆41年)後，渡台禁令已形同廢文，於是大量漢移民湧入，台南市亦由原漢混居漸漸成為漢人城市。原住民不是接受漢化；就是遷居他處。乾隆嘉慶年間，府城三大商業貿易組織「三郊」的興起；壯大，為台南黃金時期。
西元1984年，安平海關建造完成，並正式開港。
英商於安平設置德記、和記洋行，隔年另開雞籠、打狗兩港，而有正、副港之稱。
西元1875年(清光緒元年)在北部增置台北府、原台灣府改稱台南府，失去台灣唯一政治中心地位；清光緒11年，台灣建省，省治初設今台中一帶，稍後改於台北，台南由全島中心成為區域中心。
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【日治時期】
西元1895年10月21日，日治時期開始。
1900年11月29日，台南至打狗間鐵道開通，台南廳舍(後改為州廳)、地方法院等公家機關相繼成立。
稍後的市區改正、台南新運河開通、台南驛改建。
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【民國時期】
西元1945年日本戰敗。
經中美日三方協議，台灣歸屬中華民國代管。台南州改為台南縣；州轄台南市改制為省轄市。
2009年6月29日，通過「台南縣市合併改制直轄市」。
2010年12月25日，台南縣市合併改制為直轄市。
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